吐鲁番市维吾尔医医院成立于1981年6月，前身为吐鲁番地区维吾尔医医院，2015年撤地改市后更名为吐鲁番市维吾尔医医院，是一家以传统维吾尔医药为主，维、西医结合的集医疗、教学、科研、预防保健、制剂为一体的二级甲等公立维吾尔医医院，现为新疆医科大学、自治区维吾尔医高等专科学校、吐鲁番市职业技术学院等院校的实习医院，是吐鲁番市、高昌区医保定点医院。